先总结来说，磁共振是很安全的。
首先，磁共振的原理是在高磁场下，利用射频脉冲使得原子（大多针对H原子）产生共振，并采集相关信号得以成像。不同于CT等基于X射线等成像手段，磁共振射频的波段处于微波层面，不会产生电离辐射，因此磁共振是没有辐射伤害的。此外，目前没有研究证明磁共振的高磁场会对人体产生伤害，因此我们目前还是认为磁共振的高磁场对于人体是完全安全的。
磁共振可能带来的风险是SAR和PNS。其中，SAR是因为射频具有能量，这些能量中的部分会以热量的形式累积于人体，直观的感受就是发热。PNS即周围神经刺激，是由于磁场切换有关的电磁效应作用于人体神经导致的，直观的感受是有点抽筋的感觉。但在正式扫描前，磁共振机器和技术开发人员都会对这两个指数进行精确的评估，不会使其超过人体不能承受的安全范围，因此无需过度担心。
需要注意的是，不能带金属进入磁共振扫描间。这是由于磁共振扫描间中有高磁场，而很多金属都带有磁性，进入高磁场之后可能会被高速吸进磁体，这可能造成对扫描间的人造成意外伤害。同理，身体中含有磁共振不兼容的金属植入物的人也不能做磁共振，硬做也可能造成伤害。
另外，磁共振在扫描过程中，由于梯度、射频切换等原因，会产生持续性的较大噪声，如果不加以防范，可能对人的听力造成损害。不过目前医院都会为受试者提供耳塞、耳罩等，一般不会损害受试者听力。
此外，个别患者可能患有幽闭恐惧症，磁共振狭小的腔体可能造成患者的幽闭恐惧症发作。
还需要注意的是，个别磁共振扫描需要用到造影剂增强技术，即需要向人体注射造影剂。磁共振的造影剂多是基于钆的造影剂，相对于CTA、DSA所用的造影剂更安全。但这类造影剂仍然具有一定肾毒性，肾功能受损或过敏的患者需经过相应检查评估后再考虑是否可以进行相应检查。但同样需要说明的是，并不是所有磁共振检查都要注射造影剂，目前也有很多先进的非造影剂磁共振技术可以替代之前需要注射造影剂的技术。 |
