清朝不仅没有毁坏孝陵，还对所有明朝皇帝陵墓都加以守护，以时致祭，多次修葺。
辛未，诏故明神宗陵如十二陵，以时致祭，仍设守陵户。
甲戌，遣官祭明帝诸陵，并增陵户，加修葺，禁樵采。 还有，惩治盗窃明帝陵墓的人等等。
昌平民王科等盗发明帝陵，伏诛。
甲申，上巡行塞外。盗发明陵，命置之法。 在历代明帝、乃至历代中华帝王中，清朝统治者评价最高的当属明太祖朱元璋。
顺治帝认为，在汉高祖刘邦、汉文帝刘恒、汉光武帝刘秀、唐太宗李世民、宋太祖赵匡胤、明太祖朱元璋中，最优秀的当属明太祖朱元璋。“明太祖立法可垂永久，历代之君皆不及也。”
上问汉高祖、文帝、光武及唐太宗、宋太祖、明太祖孰优。陈名夏对曰：“唐太宗似过之。”上曰：“不然，明太祖立法可垂永久，历代之君皆不及也。” 康熙帝也认为，朱元璋起于布衣，一统华夏，功业超过汉、唐、宋的诸位帝王。
六十一年，遗谕，言：“明太祖起布衣，统方夏，驾轶汉、唐、宋诸君。末叶灾荒，臣工内讧，寇盗外起，以致社稷颠覆。考其嗣主，未有荒坠显迹，盖亦历数使然。且其制度规模，我朝多所依据。允宜甄访支派，量授爵秩，俾奉春秋飨祀。” 因此，在明代皇帝陵墓中，清朝皇帝对朱元璋的孝陵也是最为重视。规格为“守陵太监四人，祀田二千亩”。
设明太祖陵守陵太监四人，祀田二千亩。 康熙帝南巡期间，曾分别于康熙二十三年、康熙二十八年和康熙三十八年三次亲往明孝陵祭明太祖。
二十三年，南巡，道江宁，诣明太祖陵，拜奠。谕有司巡察，守陵人防护。
越五年，巡会稽，祭禹陵，祝文书御名，行三跪九拜礼。跸江宁，祭明太祖陵，如祀禹仪。
三十八年，复南巡，见明太祖陵圮剥，诏依周封杞、宋例，授明裔一官，俾世守弗替。 康熙帝为朱元璋所题写的“治隆唐宋”，至今还放在南京明孝陵。
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乾隆四十九年，乾隆帝也亲自至江宁祭明太祖陵。
四十九年，南巡至江宁，祭明太祖陵，礼臣具仪上，三奠酒，每奠一拜。帝命用祀少昊陵例，二跪六拜，不必奠酒，著为令。 对包括孝陵在内的明代皇陵的保护，持续到了清朝末期。
道光十六年，定明陵春秋致祭，由袭侯往行，馀以其族官品峻者摄之，或遣散秩大臣，为永制。
光绪七年，谕禁开垦明陵旁近地亩。 除陵墓外，清朝皇帝还在历代帝王庙对明太祖加以祭祀，以徐达、刘基从祀。
甲申，迁故明太祖神主於历代帝王庙。
三月甲申朔，始祀辽太祖、金太祖、世宗、元太祖、明太祖於历代帝王庙，以其臣耶律曷鲁、完颜粘没罕、斡离不、木华黎、伯颜、徐达、刘基从祀。 <hr/>再来说说清朝皇帝这样做的原因。
在清朝法理的叙事中，清与明是两个交替的正统王朝。即，不是“隋灭陈”式的消灭的逻辑，而是“魏代汉”式的继承的逻辑。
一句话，清承认明的正统地位。
那么，清朝怎么解释努尔哈赤以来清（后金）和明的一系列战争呢？
这在顺治帝的诏书里说的很清楚。
昔之疆场用兵，本冀言归和好。不幸寇凶极祸，明祚永终，用是整旅入关，代明雪愤。 顺治帝说，此前明清两国尽管战争不断，但目的是重归于好。无奈流寇灭亡明朝，因而清入关为明报仇。
现代人看起来当然很荒唐，但这确实是清朝的法理建构方式。
而且，在大打出手后还承认对方的合法性，这在历史上其实不罕见。
五代十国，后晋武力消灭了后唐。但后晋还是承认后唐的正统地位。以后唐许王李从益奉唐之祀，为后唐皇帝立庙。
癸未，封唐许王李从益为郇国公，奉唐之祀，服色旌旗一依旧制。
乙亥，诏立唐高祖、太宗及庄宗、 明宗、闵帝五庙于洛阳。 后周也灭了后汉。尽管后汉隐帝杀了后周郭威的全家人，可谓血海深仇，郭威却还是咬着牙，承认了后汉的正统地位。
唐庄宗、明宗、晋高祖，各置守陵十户，以近陵人户充。汉高祖皇帝陵署职员及守宫人，时日荐飨，并守陵人户等，一切如故。仍以晋、汉之胄为二王后，委中书门下处分云。 好了，继续说明清。
清朝是这样说的，也是这样做的。入关后的清朝统治者体现出对明代皇帝的极度尊崇，至少是表面上的极度尊崇。
清朝入关后，为崇祯帝发丧，以皇帝礼节安葬。对崇祯帝的皇后皇妃，也按礼制安葬。
辛卯，令官吏军民为明帝发丧，三日后服除，礼部太常寺具帝礼以葬。
己酉，葬故明庄烈帝后周氏、妃袁氏，熹宗后张氏，神宗妃刘氏，并如制。 为崇祯帝追加谥号“庄烈愍皇帝”。乾隆时甚至还为朱允炆追加谥号。
追谥明崇祯帝为庄烈愍皇帝。
乾隆元年，谥明建文帝曰恭闵惠皇帝，庙祀之，位次太祖。 清朝对崇祯帝的评价非常高。清代帝王庙认为明朝灭亡的责任不在崇祯帝，而在万历、泰昌、天启三帝。因此，除了这三位外，其余明代帝王均予以祭祀。（之后，以嘉靖帝“戮忠亲佞”，取消祭祀，后又恢复）
六十一年，谕：“帝王崇祀，代止一二君，或庙飨其臣子而不及其君父，是偏也。凡为天下主，除亡国暨无道被弑，悉当庙祀。有明国事，坏自万历、泰昌、天启三朝，神宗、光宗、憙宗不应崇祀，咎不在愍帝也。” 当然，清朝对朱家后人的防备自然不必多言。雍正帝按照历朝惯例，立明裔朱之琏世奉明祀，很显然，“朱之琏”这个名字并不符合朱元璋定下的取名规则，此人也与明朝帝系极为疏离。不过，这也算是历代惯例，以疏属奉祀。隋文帝所封的北周皇族宇文洛甚至不是宇文泰的直接后人。
戊寅，封明裔朱之琏为一等侯，世奉明祀。 不管怎么说，上述都表明了清朝在法理上自认是明朝的继承者。这正如朱元璋承认元朝的法统一样。
“元祖宗功德在人，其子孙罔恤民隐，天厌弃之。”
又以捷奏多侈辞，谓宰相曰：“元主中国百年，朕与卿等父母皆赖其生养，奈何为此浮薄之言？亟改之。”乙亥，封买的里八剌为崇礼侯。 <hr/>总而言之，至少在表面上，清朝统治者还是做到了对明朝皇帝的尊重，其法理原因在于清朝对明朝法理上的继承，现实原因则是巩固中原统治的需要。 |
