菌液注射实验：
石井部队将鼠疫菌溶液注入战俘和平民的静脉中，被害者淋巴腺红肿，面部胸部皮肤变成紫黑色，其余部位皮肤呈暗淡红色，实验对象很快死亡，被投入炼人炉。
染菌饮食实验：
准备一公升含有伤寒病菌的甜水，冲淡后分给50个中国人喝，被害人大部分死亡。如果未死的实验对象身体太虚弱，就注射氰化物把他们毒死。
毒气实验：
在透明玻璃房中关着母女两人，小女孩4岁左右。毒气渗入的一瞬间，女孩猛然从母亲怀里抬起脑袋，眼睛瞪得圆圆的，四处张望。母亲想保护孩子但是没有用，很快母女二人都被毒死。母亲临死前的痉挛中，还死死抱住孩子。日本人拿着秒表在外面记录时间。
冻伤实验：
原731部队的宪兵仓原供认：“当我走进监狱附设的实验室时，我看到一条长木凳上坐着5个接受实验的中国人，其中两人已完全脱掉了手指，他们的手掌是乌黑的，而其余3个人的手上则露出骨头。虽然还有手指，但剩下的只是指骨。吉村对我说，这是由于受过冻伤实验的结果。”
真空环境实验：
把受害者关进气压实验室，测试人体在高空的抵抗力，随着空气被抽干，受害者眼球鼓了出来，因为难以呼吸双手拼命抓着前胸，血顺着抓痕流下来。日本人用16毫米摄像机记录过程。
火焰喷射杀伤实验：
将被害者多人赶进坦克和装甲车内，用火烧烤，观察什么程度的火焰可以把里面的人烧死。
解刨健康活人制作标本：
原731部队成员揭露，1943年日寇将抓获的12岁中国孩子注射麻醉剂，绑在手术台上。先切开腹部，按肠、胰腺、肝、肾、胃的顺序取出内脏装入福尔马林容器内。取出的内脏有的还在抽动。随后从小孩的耳朵到鼻子横着切一刀，剥开头皮，将头盖骨锯成三角形掀开，取出完整的大脑放入福尔马林。最后孩子只剩下四肢和空壳留在手术台上。
1946年1月，石井四郎被美军秘密逮捕。
起初，石井四郎和副手内藤良一等人接受美国专家审讯时非常谨慎，绝口不提细菌战的情况。
1947年初，美国专程从德特里克堡基地派出细菌战专家诺伯特·费尔博士，他与石井四郎、内藤良一和731部队第二任部队长北野政次等人进行了多次会谈，并暗示可以与他们达成免罪交易。
在费尔的诱惑下，石井四郎终于松口，答应交出所有研究资料，条件是“美国保证他本人及所有幸存部下的生命安全”。
费尔于6月24日向德特里克堡和驻日盟军最高司令部第二参谋部的威洛比将军提交了详细报告，并提出对石井四郎等细菌战犯免予起诉的建议。
威洛比上报美国驻日最高司令麦克阿瑟手中，明确提出“要弄清731部队的情况，只有保证不把他们作为战犯追究，进展方能顺利。”
虽然麦克阿瑟一贯独断专行，但面对这样的重大决策也不敢擅自作主，于是向白宫方面发报请示。当年9月，美国国务院向麦克阿瑟作出指示，命令继续搜集石井等人掌握的情报，还表示“从美国安全保障的立场出发，不追究石井及其同伙的战争犯罪责任。”
自此，石井四郎等人开始源源不断地向美方提供各种数据和资料，包括石井四郎组织撰写的细菌武器人体试验报告、细菌武器对农作物和牲畜的摧毁效果研究报告，还有石井四郎亲自撰写的20年来对细菌战的全面研究总结。此外还有8000多张有关用细菌武器作活人试验和活人解剖的病理学标本和幻灯片等。
就在美国国务院发出指示电后不久，当年10月，德特里克堡方面再次派专家赴日与石井四郎等人会谈，获取了有关炭疽、鼻疽和鼠疫的相关资料、报告及大量照片。这一系列资料，成为日后德特里克堡进行细菌武器研究的重要依据。
早在1946年1月，正在准备东京审判的远东国际检察局获悉石井四郎被逮捕后，要求进行审问，被美军拒绝。
当年3月，国际检察局的美国法官莫罗向国际检察局局长、后来的远东国际军事法庭首席检察官凯南提交关于日军在华进行细菌战的报告，4月，莫罗赴华进行实地调查后再次向凯南提交有关日军细菌战的报告，但全部被凯南压下。
随着石井四郎与美国接触的不断加深，美国高层对于石井四郎和731部队的庇护也不断明朗化。
1947年4月，麦克阿瑟命令威洛比对正在进行日军细菌战调查的盟军总司令部法务局发去照会，要求调查必须获得威洛比的同意，所有获得的情报必须交给威洛比所管辖的第二参谋部，事实上阻止了法务局的调查。
最终，在远东国际军事法庭上，没有一名战犯因细菌战受到起诉，细菌战的直接实施者石井四郎等人根本没有被列入战犯名单。[1] |
