为什么我觉得日本的海陆军矛盾很幼稚？

特别是到了二战后期，这时候日本在太平洋战场明显已经大势已去了，为什么还要继续闹矛盾？

并不幼稚。
本质上都是钱闹的。
别说陆海军，同父同母的亲兄弟，都有因为钱闹掰的。
每年的军费就那么些，陆军多拿了，海军就只能少拿，相反的，海军多拿了，陆军整不好就去吃草了。
军中鄙视链的存在也是很要命的。
陆军征兵，小学毕业就行。
海军征兵，中学毕业是硬指标。
毕竟学会拉大栓、长途跋涉什么的不怎么需要智商，有劲就行，但是撑船操舵除了有劲，绝对需要智商，军舰上几大主力专业，雷达、通信、轮机、供电、枪炮、导航，你没点子文化基础，是玩儿不转的。
所以，海军看陆军就是一帮泥腿子，陆军看海军就是一帮酸秀才，互相看不顺眼。
同父同母的亲兄弟都能因为钱的事没整明白到最后老死不相往来，何况陆海军充其量同父异母，本来也没多亲近。
甭说日本，就算美国，军种之间照样矛盾重重。
只不过日本的军种矛盾属实是夸张了些，因为互相不对付，松紧螺丝的方向都不同，海军造坦克陆军造军舰，简直都要分开单过了。你说你海军造坦克，装备海军陆战队，还算可以理解，这陆军造军舰是要干啥？陆军要什么军舰？
老感觉其实美国人不用费劲去打日本列岛，闷他们两年他们自己都能烂套个屁。

你以为的内斗：
陆军/海军：皇国危在旦夕，不能再乱来了，要团结协作
实际的内斗：
陆军/海军：皇国危在旦夕，这帮马鹿还在乱搞！得把他们都突突了，全听我的，才能走出绝境

不仅日本有海陆军矛盾，很多国家都有，本质就是军费就那么点，你多拿一些，我就少拿一些，尤其日本本身就缺乏资源，你陆军多拿走一些石油开卡车，我海军就有一条船趴窝了。不仅海陆军之间，军队之间的派系矛盾也是一茬一茬的。
而一个现实就是，情况越困难，内斗会越厉害，因为蛋糕变小了，但是人的野心是不会变小的。日本在二战后期，也试图消除对立，在资源分配上更合理，好加快军需的生产，于是搞了一个军需省，结果毛用没用，毕竟你解决不了资源不够的问题，所以海陆军该吵架接着吵。
到了45年初，日本完蛋在即，为了搞本土决战，日本政府想促成陆军海军统一作战，以消除矛盾，集中力量。但是海军强烈反对，因为这时候的海军非常衰落，大部分战舰都在海底，一旦统一作战，大概率直接被陆军吞了，反正都要败，搞本土决战，并不符合海军的利益。所以内斗反而激化起来，两方的利益并不一致，就不可能没有矛盾。

日本是军国主义国家，军队是国家的核心，日本陆军和海军的利益就是日本国的最高利益，人家为了国家利益斗得死去活来，难道还有错了？

题主的问题描述很好，重点提了二战后期。日本的陆海矛盾，战前和战中是有差异的。
战前的矛盾，除了各国都有的军种利益之争外，还与权力分配有关，由于日本军队干政的情况很严重，军种地位就变得至关重要，因为已经不会有处于中立地位的政府来主持公平了，海军当权时刻意减少军队干政的程度，但是陆军当权后又改回来了。日本国情比较接近英国，理论上应该是海军占主导地位才对，但是因为各种历史上的阴差阳错，导致了陆军权力更大的情况，这种不平衡必然会激化矛盾。当然，并不是说这个体制下只有海军受气，有些时候陆军掌权反而是陆军吃亏。比如两次大裁军，起因都是海军裁军，但是陆军也跟着一起裁军，甚至于因为军种特点的问题陆军裁的比例还更大。
战前不管怎么斗，无非是人多还是人少，吃肉还是喝汤，但是打仗的时候是要死人的，这个性质就完全变了。

之前的侵华战争完全是陆军主导的，海军只是打下手，偶尔还使个绊，而太平洋战争爆发后，情况完全逆转。因为太平洋战争是一场以海军为主的战争，陆军只是受邀去帮个忙，陆军打得好是情分，打不好是本分，指望陆军拼全力打仗是很没道理的，但是太平洋战争偏偏不讲这个理。
二战的海战与之前战争的一个重大区别就是陆地机场的重要性空前上升，美军在太平洋的胜利，归根结底就是陆基航空兵的胜利。路基航空兵能封锁海域，导致海军缩在港口，陆军因缺乏补给饿死。这种游戏规则下，攻岛守岛的陆战能力就成了打开胜局的钥匙。
以太平洋战场的转折点，瓜岛战役为例。海军的机场被美军登陆部队抢走，于是日本陆军登岛想要夺回机场，在双方拉锯战的过程中，美军的陆基航空兵压制了日本海军舰队，导致日本陆军缺乏补给，最后输掉了陆战，海军只能从所罗门海域撤退。
从第三者立场来说，陆军和海军应该各挨五十大板，但是你代入到陆军和海军的视角就不是这么回事了。陆军觉得海军骗了自己几万人上岛，又不能保证补给，最后害死弟兄们，海军觉得陆军平时牛皮吹的响，关键时刻掉链子，导致海军战略崩盘。
之后两年，同样的局面一而再再而三的上演，陆海矛盾必然越来越激化。

从根本上说，太平洋战争是海军的战争，所以海军更着急，而太平洋的胜负暂时影响不到陆军的大陆战争，陆军是打工人，海军是资本家，两者根本立场就有冲突。
真正到了陆军也着急的时候，已经是1944年下半年了，本土防御战眼瞅着就来了，这个时候海军已经失去了战斗力，都开始搞神风攻击了，人家无所谓了，破罐子破摔。现在你知道着急了，那1941年强行进攻越南南部导致日美决裂的是谁啊？

所以日本陆海军矛盾一直无法解决的根源就是两者地位对等，但责任不对等。如果海强陆弱，那啥事都没了。美国陆军虽然强势，但那是二战打出来的，海军是一等人的老规矩没有变。

关于这一点嘛，我觉得你稍微看一看日本历史就懂了。
日本自封建时代以来，其内部从来就不是铁板一块而是分成若干个派系彼此内斗，其本质是文化层面的不同。
比如平安时代的皇室与贵族内斗、贵族与贵族内斗
比如幕府时代公家与武家内斗、幕府与大名的内斗
比如明治时代藩阀之间的内斗
所以整个日本历史就是不断内斗中发展的历史。
即便是到了二战时候也是如此，昭和军部内部存在多个派系、彼此之间矛盾重重谁也不服谁。早在1905年就出现了“海主陸従”以及“陸主海従”之争，而且在当时闹的很大。
后来在1907年《帝国国防方針》光是为了统一名称是叫“海陸軍”还是“陸海軍”都差点打起来，当然闹腾的本质是为了争夺话语权，谁的话语权更大，谁就能力压对方来获取更多的特权。